过敏是以引起组织细胞损伤或生理功能紊乱为主要结局的异常的免疫应答。过敏原进入机体后，使机体致敏、产生抗体，当过敏原再次进入机体后，会与机体内的抗体结合，从而使机体发生一系列过敏反应。过敏是免疫失衡导致免疫亢进，对无害物质也做出过度反应，产生了原本不该有的反应，当过敏原进入人体后，免疫系统中的肥大细胞和嗜酸性粒细胞会释放组胺等炎症介质，导致血管扩张、黏膜肿胀，从而引发过敏症状。
过敏反应一般分为四类：皮肤反应（如湿疹）、呼吸道反应（如哮喘）、消化道反应（如食物过敏）和全身性反应（如过敏性休克）。
90%~95%的过敏原都来源于吸入性物质和食物，常见的有尘螨、花粉、动物皮毛、真菌、昆虫等；食物中有牛奶、花生、鸡蛋、大豆、鱼虾海鲜等；接触性的有油漆、化妆品、乳胶等；此外，一些抗生素、水杨酸、解热镇痛药、磺胺类药物也可能为过敏原。
食物过敏属于免疫系统疾病，而肠道不仅是人体重要的消化器官，还是人体最大的免疫器官。肠道微生物的组成和代谢产物不仅可以促进免疫系统的发育，还可以调节机体的免疫系统。随着研究的不断深入，食物过敏的核心病理机制得以不断更新发展。由食物过敏原直接介导过敏反应，是对于食物过敏的表层理解。而随着对其免疫机制的进一步探索，调节性T细胞介导的免疫调制功能下降和Th2相关的免疫炎症反应被认为是重要的致敏机制。
引起食物过敏的危险因素有很多，比如遗传因素，过敏原暴露，肠黏膜屏障结构异常，肠道通透性增加，肠道菌群失调，环境因素等等。 肠道通透性增加：又称“肠漏”，跟饮食过度精细，精神压力、抗生素滥用，不良生活方式都有关，假如一个人肠黏膜通透性增加（简称肠漏），食物中的抗原大量入血，引起炎症，则会诱发过敏反应。
过去，医学界曾一度认为过敏性疾病与家族遗传基因是强关联。然而，近年来，过敏性鼻炎、哮喘、特应性皮炎、过敏性湿疹等过敏性疾病在全球范围内广泛流行，越来越多没有任何家族遗传史的健康人群也深受过敏性疾病的困扰。这使得流行病学不得不把调查和研究方向放到了另一套基因组上，也就是我们人体内，除了人自身的基因组以外，另一套巨大的基因组：肠道菌群基因组。
随着新一代测序技术的发展，越来越多的研究发现肠道菌群与过敏有着密切相关性。微生态学说认为肠道微生态失衡可能通过破坏肠屏障功能、改变免疫系统功能、脑-肠轴功能失调、基因表观遗传学调控等多种途径，进而诱发过敏性疾病。
前沿观点指出：婴幼儿免疫的健康发育离不开肠道菌群对于免疫细胞的“驯化”，肠道微生态紊乱是导致食物过敏的原因之一。婴儿健康肠道微生态的早期建立，对于避免形成食物过敏存在重要意义。然而在婴幼儿早期，抗生素使用、剖宫产等因素，均可能干扰肠道微生态的良好建立。随着医疗技术水平的提升，剖宫产及婴幼儿应用抗生素更为普遍，让食物过敏成为亟待重视的问题。
对6月龄牛奶过敏患儿进行肠道菌群的分布及代谢物进行分析，发现食物过敏患儿肠道菌群分布存在明显改变，食物过敏患儿普遍存在显著的肠道菌群紊乱，而杂乱的肠道菌群分布可致婴儿对于过敏及炎症反应的敏感度增加，更易受到外在过敏原的侵袭。而肠道菌群的紊乱可能直接影响肠道免疫细胞的正常分化、增殖并产生效应，从而无法对过敏反应实现良好调控。患儿肠道菌群代谢物中次级胆汁酸 (secondary bile acids, SBAs) 脱氧胆酸、异脱氧胆酸及熊脱氧胆酸均较健康患儿显著降低。SBAs可以通过抑制肠黏膜上皮细胞凋亡，以保护肠道屏障的完整性，避免肠道炎症持续。食物过敏患儿SBAs的异常可影响肠道屏障的完整性的维持，使致敏原更易诱发过敏性敏免疫反应。食物过敏患儿的肠道屏障显著受损，肠粘膜受损，酸性环境受到破坏，导致炎症的持续发生及过敏的发生和发展。
在另一研究中发现肠道中多种微生物来源的代谢改变，如胆酸、能量和色氨酸代谢物，这些改变先于过敏炎症。通过体外消化和多组学在患者队列中比对，确认了菌群失调及其对代谢改变的影响，并伴有低度炎症的代谢特征。提示肠道失调先于过敏炎症发生。
对小鼠模型进行研究，来自健康婴儿的粪便细菌对无菌小鼠的定植可以起到防止小鼠牛奶过敏的作用。证实肠道菌群可以改变患食物过敏的风险。
食物过敏管理的核心原则是回避食物过敏原；除此之外，通过建立健康的肠道微生态、进行主动的免疫调节成为了食物过敏临床管理的新思路。
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